Le président du GAFI est un haut fonctionnaire nommé par la plénière du GAFI parmi ses membres. En avril 2019, le Mandat révisé a étendu les mandats de la présidence du GAFI à une période de deux ans.

Le mandat du président commence le 1er juillet et se termine le 30 juin deux ans après son entrée en fonction. Le président convoque et préside les réunions de la plénière du GAFI et du groupe de direction. Le secrétaire exécutif et le personnel du secrétariat du GAFI relèvent du président et agissent selon ses instructions, conformément aux directives données par la plénière, sur toutes les questions relatives aux activités et à la fonction du GAFI. Le président est le principal porte-parole du GAFI et représente le GAFI à l'extérieur.

Le vice-président du GAFI est nommé par la Plénière parmi ses membres. Le vice-président assiste le président dans l'exercice de ses responsabilités et le remplace lorsque cela est nécessaire.