Le président du GAFI est un haut fonctionnaire nommé par la plénière du GAFI parmi ses membres. En avril 2019, le Mandat révisé a étendu les mandats de la présidence du GAFI à une période de deux ans.

Le mandat du président commence le 1er juillet et se termine le 30 juin deux ans après sa prise de fonction. Le président convoque et préside les réunions de l'assemblée plénière du GAFI et du groupe directeur, et supervise le secrétariat du GAFI. Le président est le principal porte-parole du GAFI et représente le GAFI à l'extérieur.

Le vice-président du GAFI est nommé par la Plénière parmi ses membres. Le vice-président assiste le président dans l'exercice de ses responsabilités et le remplace lorsque cela est nécessaire.